Согласно Постановления Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 20 декабря 2011 г. N 10025/11

Президиум постановил:
Отправить Дело Юридического лица на новое рассмотрение, поскольку оснований для отказа в удовлетворении заявленного требования в связи с пропуском срока обращения в арбитражный суд у судов не было.

Подробнее:
Налоговая инспекция выписала штраф на юридическое лицо за несвоевременное представление декларации. Представители юридического лица подали жалобу на это решение в вышестоящий налоговый орган. Так как жалоба была не удовлетворена, то организация оспорила решение инспекции в суде. 
Три инстанции сочли, что пропущен срок обращения в арбитражный суд, предусмотренный ч. 4 ст. 198 АПК РФ. Так, как заявление об оспаривании ненормативного правового акта можно подать в течение 3 месяцев со дня, когда лицу стало известно о нарушении его прав и законных интересов, если иное не установлено федеральным законом. Суды исходили из того, что данный срок исчисляется со дня, когда лицу, в отношении которого вынесено оспариваемое решение, стало известно о вступлении его в силу. Они установили, что решение инспекции как не обжалованное в апелляционном порядке вступило в силу по истечении 10 дней после получения его копии организацией

Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ решил, что срок оспаривания не был пропущен. Суды не приняли во внимание пункт 5 статьи 101.2 НК РФ. В соответствии с данной нормой решение о привлечении к ответственности за налоговое правонарушение (об отказе в этом) может быть оспорено в суде только после обжалования в вышестоящем налоговом органе. Согласно п. 2 ст. 139 НК РФ жалоба на такое решение подается в течение 1 года с момента его вынесения. И этот период времени не может быть сокращен из-за угрозы пропуска срока, предусмотренного ч. 4 ст 198 АПК РФ. Нормы АПК РФ, устанавливающие срок на обращение в суд за защитой нарушенного права, не должны рассматриваться как препятствующие использованию внесудебных процедур разрешения налоговых споров.